Гениальный учёный Нэмуро (Микагэ), приглашён в Академию Отори, чтобы воплотить в жизнь честолюбивые замыслы директора Академии - Отори Акио. Профессор честно соблюдает условия договора, стараясь не задумываться о том, что участие в проекте "Вечность" разрушает его психику и судьбу, вынуждая совершать преступление за преступлением. Но однажды Нэмуро понимает: чтобы спасти дорогих людей и самому вырваться из-под власти Акио, нужно изменить взгляд на привычную реальность. И он втайне от всех начинает новое исследование. Один из учеников Академии, музыкант Каору Мики, случайно узнаёт о секретных экспериментах профессора со временем и пространством, и неожиданно для себя помогает Нэмуро в его исследованиях. С тех пор судьбы учёного и юного музыканта оказываются неразрывно связаны. Трилогия "Алхимик" является фанфиком-кроссовером по аниме "Shoujo Kakumei Utena" и "Weiss Kreuz". История вполне самостоятельная, для понимания её сюжета не требуется предварительное знакомство с сюжетами аниме.