Если попробовать кратко и упрощённо описать связь гностической концепции с теургическо-алхимической, то получится, на мой взгляд, примерно такая картина:
София - душа, Христос - Дух, Хаос - (перво-)материя, Космос - вульгарная материя, как порождение Хаоса.
Христос-Дух "нисходит" из Глубины Бога (Дух сокрыт в оболочке души, как душа - в оболочке материи, однако Дух присутствует и повсюду, т.е. в не-сущем "ядре" всего, как под "корой материи", под "поверхностным искажением", ибо "мир пал не сверху вниз, а изнутри - наружу", 4-я книга "Пистис Софии" - материя потому и именуется - Тьма Внешняя) и преобразовывает душу-Софию (покаяние Софии и осознание ею (и локальной душой, т.е. частью Софии в человеке) своего положения в материи - покаяние и осознание - это (условно) Nigredo), поднимая её до своего уровня (расширение ядра Духа на уровень души, в которой он сокрыт - этого максимального уподобления Духу люди старались достигнуть через аскетизм и избавление от желаний), дабы душа стала таким же Духом (очищение; (условно) Albedo) - вспомните фрагмент из Ев. от Фомы - "Иисус сказал: Смотрите, я направлю ее, дабы сделать ее мужчиной, чтобы она также стала духом живым, подобным вам, мужчинам"*прим. Љ 1 - этот ответ - именно про сие. Потом происходит слияние по подобию (Rubedo) преобразованной души с Духом в сизигию (Re-bis, Алхимический Андрогин), т.е. восстановление целостности (вхождение в Плерому), устранение изъяна. Так душа спасается, сливаясь с Духом в одно. Это подобие актуально как в глобальном смысле (преображение и слияние всех способных к этому душ с Духом - как и у манихеев было в концепции - так постепенно спасается и мир), так и на локальном уровне - в Работе (Opus) одного человека. С преображением души Духом одновременно идёт и процесс преображения ума человека, и избавление от (внутреннего) влияния архонтов. Это суть воскрешение в этой жизни, вхождение в Плерому через мысль и подобие. Подразумевается, что после физич. смерти преобразованная душа, слившись с Духом, автоматически сливается и с Богом ("Бог есть Дух"), становится, а точнее - вспоминает себя (см. "Гимн Жемчужине" + некоторые фрагменты текстов орфиков про "источник Мнемосины-Памяти"), что она всегда была Эоном Бога ("становление богом" в теургич. смысле - отдалённая аналогия - становление даймоном в яз. мистериях - теургия - изначально яз. явление). Архонты не улавливают (как в египетских "книгах мёртвых", кстати - схожий принцип отчасти; см. "Деяния Петра и 12 апостолов", где "мытари"), ибо преобразование уже свершилось при жизни в материи, а привязок не осталось (+ избавление от желаний). Дух выступает и своеобразным психопомпом.
Текст "Пистис Софии" лишь более подробно описывает эту концепцию. Всё это в изменённом виде есть и в более поздней версии теургии и Алхимии, только уже через призму герметизма. Есть это и в масонских текстах. Аналогичное есть и в тексте Ангелуса Силезиуса, например.
*прим. Љ 1 - гностики всё-таки женственное тоже воспринимали не совсем хорошо, как и иудеи - в тексте "Зостриан" и "1-й апок. Иакова" это видно явно, хотя понятно, что речь там не о поле, но ассоциативный выбор терминов продолжает традицию "мифа о грехе Евы" по сути, только в ином виде.